自宅療養＝いきなり休職に入るというわけではありません。一般的には就業規則に一定期間の欠勤期間を経て、休職に入る旨の規定がされています。
また、いったん休職に入ってしまうと有給休暇を取得することができません。休職とは労働への従事を免除する制度であり、休職中には休暇の前提となる「労働の義務のある日」がないので、取得ができないというわけです。そのため実務ではこの点をあらかじめ当該社員に説明し、本人の希望があれば休職に入る前に有給休暇の取得をしてもらっておいたほうが良いでしょう。
つまり、有給休暇→病気欠勤（休職の前提となる期間）→休職発令 という流れになります。
